1) cambiare la password di root su mysql con phpmyadmin: http://www.wordpress-it.it/wiki/Main/WPSulVostroComputer4

2) modificare le config dei vari joomla e riportare la nuova password di root

mettere la pass di root come accesso a mysql da parte dell'applicazione joomla è sbagliato e sconsigliato
per ogni applicazione (joomla, wordpress...) si crea un nuovo DB e contestualmente si crea un utente che accede SOLO a quel DB (spesso si da lo stesso nome al DB e all'utente) con una sua password, poi si imposta la configurazione di accesso al mysql in modo che usi quell'utente e quella password invece di quella di root.